In der Mittelstufe werden die Schüler Schrittweise durch die Stärkung der Kompetenzen für die Oberstufe vorbereitet. Durch verschiedene Lehrvorschläge verbinden die Schüler nicht nur wissenschaftliches Wissen mit ihrem Alltag, sondern entwickeln auch das logische Denken, die Kreativität, die Intuition und die Fähigkeit der kritischen Analyse der Realität. Außerdem fördern wir im Bonja Selbstständigkeit und weisen die Schüler an, die eigene tägliche Lernroutine zu erstellen. Das ist Wissenserweiterung, die die Welt öffnet. Für heute und immer.
Die ausgedehnte Lernzeit ermöglicht die Wahl für zwei Fremdsprachen: eine in Regulärunterricht, und die andere davor, bzw. danach.