As aulas no Ensino Médio e do IB ocorrem na Unidade Centro do Colégio Bonja, de fácil acesso e próxima do terminal central de ônibus de Joinville. Nos arredores, há todo tipo de serviço, como restaurantes, lojas e livrarias, facilitando o dia a dia dos alunos e das famílias. É uma infraestrutura inteligente, completa, que facilita a aprendizagem e permite que os conteúdos teóricos sejam trabalhados com práticas integradoras.
Criada em 1934, a Biblioteca Castro Alves tem em seu acervo mais de 55 mil exemplares e divide-se em três unidades: a Biblioteca Central, a Saguaçu I e a Saguaçu III. O sistema de consulta informatizada iniciou-se em 1996 e hoje todas as obras podem ser consultadas on-line. O acervo é ampliado constantemente, seguindo sugestões do MEC, de alunos e de professores.
Dispõe de uma cantina escolar. O serviço é realizado pela empresa Letras com Sabor. A cantina funciona de segunda-feira a sexta-feira, das 7h às 21h30.
A unidade conta com infraestrutura completa, para a realização das aulas de educação física e para as atividades extraclasses.
Conta com laboratórios para aulas práticas e sala de informática para que os estudantes possam desenvolver seus trabalhos e pesquisas.
O Financeiro do Bonja atende de segunda a sexta, das 7h30 às 12h e das 13h às 18h, na Unidade Centro (Rua Princesa Isabel, 438). O pagamento a fornecedores é feito somente às quintas-feiras, das 14h às 17h30.
A unidade dispõe de um anfiteatro com 110 lugares, para as atividades culturais e a valorização dos nossos talentos.
